潮汕妈宫数百座，而最早者，按史书记载乃南澳岛深澳天后宫。明万历二年（1574）饶平县陈天资主撰《东里志》载深澳妈宫“宋时番舶建”。四年由南澳镇副总兵晏继芳，从东北侧海滨移建于此。十一年副总兵于嵩重建，清康熙三年（1664）杜辉降清，徙澳民于苏湾，天后、关帝神像俱舁于广省。至康熙二十四年总兵杨嘉瑞从厦门移镇南澳，澳民往省城迎请两像，广人不允，互控于官，官令卜之于神，回关帝像，天后像则祀于省城之油栏门外。二十七年妈宫未修，忽夜半雷雨产一灵芝，紫色金茎，长七寸许，杨嘉瑞以灵芝之瑞为天后著灵，因建庙，遣人往湄洲岛祖庙割香刻像祀之。后多次修建。已知乾隆四十三年（1778）署澳镇刘梦金、原澳镇林国彩、署澳镇马琳同捐俸重建；道光十三年（1833）澳镇庄芳机、沈镇邦、署同知崔、易长华等官兵捐俸重建。日寇侵澳时烧毁左石狮。1949年修葺。“文革”中受破坏。1984、1987年乡民捐款小修。  1995年初台胞李文龙先生捐人民币十万元，加乡民乐捐总共23万元，从八月至越岁六月重建了主座（升高0.8米），重塑金身。2003年用约30万元重建中座，2004年用约25万元重修前座。2006年春至2012年冬，以蔡瑞杰为首理事会，幸获善信乐捐逾80万元，换新主龛及全部附龛、案桌、卧房与修妆房、两根木雕横桁、两根不绣钢旗杆，加筑石板围墙、庙外厨房，并修建连墙潮音寺屋顶及更换其前后佛龛等。至此，全庙重光，美轮美奂，神恩浩荡，庇国安澜。  

       今庙坐东南向西北，分三进，阔11.2米，深32米，建筑面积358平方米。门前埕600余平方米，一对石狮、四株古榕、一块明陈副总兵《南澳山种树记》碑石，把古庙映衬得分外庄严。其大门石楼，置三门，雕艺精美。直形门匾刻“天后宫”，飞龙环绕。中座两支大石龙柱，各高约3米，石雕活龙活现。1958年3月11日近午，团中央书记胡耀邦来此赏赞，嘱要把它保护好。1986年12月11日，中国散文大师秦牧伉俪等也至此赞叹不已。庙于1981年9月被列入县首批文物保护单位，观赏者络绎不绝。  

 深澳天后宫理事会立石  

 2013年5月20日