南澳地处海岛，过去交通闭塞，人口稀少，很难与大陆联系，极少与岛外交流，长期被视为“海外荒域”，建镇前从未设置正式行政管理机构。  

      明初，红夷、倭寇或以南澳为跳板，或以南澳为基地，横行我国东南沿海，严重危害国家安全。同时的粤东闽南盗贼、海寇也以南澳作为互市之地，大肆劫掠，给民众带来极大的苦难。  

      而面对倭夷的侵扰和海寇的劫掠，两省水师多以南澳不属其辖区为由互相推诿。  

      明嘉靖四十四年(1565)，戚继光、俞大猷联军剿灭了盘踞南澳“与倭寇互为倚角”的吴平海上武装集团，使东南海患基本平静。  

      史实证明，南澳虽弹丸一岛，却是漳潮之锁钥、东南之门户，“争之则我据其胜，弃之则寇得所凭”。明万历三年(1575年)农历六月，福建巡抚育刘尧诲会同两广总督殷正茂上书朝廷，“请设南澳总兵”。农历九月初六得以批复，设立“闽粤南澳镇”，派驻“协守漳（漳州）潮（潮州）等处地方专驻南澳副总兵官”一员，领兵三千，镇标设左营（由福建派驻）、右营（广东派驻），兼领福建南路、广东东路水师，负责闽粤交界海面军务，受漳（漳州）潮（潮州）总兵节制。  

      根据有关资料比照，“镇”在明、清时不低于现在师一级的军事单位。副总兵为从二品军事将领。  

      清康熙二十四年(1685)南澳镇升设总兵（二品）受闽（福建）、粤（广东）水师提督管辖，兵员、设施、设备均得到加强。同时，南澳镇左营开始分批轮流参与守卫台湾、澎湖、淡水，三年一班，前后历二百余年。  

      南澳总镇府（即总兵府）位于深澳的南澳城正中，明万历四年(1576)第二任副总兵晏继芳开始兴建。初时比较简陋，而后多次修建、改建、扩建。清康熙中期，总兵府的建筑体已经比较完善。从清康熙三十七年(1698)总兵周鸿升的祝寿屏风图中可以看出，当时的总兵府主体建筑由主座、两厢、前座、门埕、两廊、帅旗座、钟、敲楼、东辕门、西辕门等组成。  

      总兵府是闽粤南澳镇的军事指挥中心，明清两朝共有177任（167人）副总兵、总兵驻守在这里。其中明代副总兵34任、31人，南明总兵6任、6人，清代总兵137任、130人。  

      1647年初，郑成功(1624-1662)与降清的父亲郑芝龙决裂，到南澳招兵举义。他指挥的军队一部分长期驻扎南澳，郑成功也多次到南澳，驻总兵府。南明鲁王监国朱以海于1654年到南澳，驻总兵府，前后历四年。民族英雄刘永福曾于清光绪间两次任南澳总兵，驻总兵府。  

      随着清王朝的灭亡，闽粤南澳镇的设置也就随着消失。1912年，作为南澳行政管理机构的南澳厅政为南澳县。1914年，全县划属广东省，结束了南澳由两省共管的历史。  

  1918年，南澳发生大地震，总兵府等一大批建筑物遭到严重破坏。建国后，总兵府又作为乡、公社、区、镇等政府机构办公场所，原总兵府的风貌已经大部消失。 1998年，县政府拨款并根据清总兵周鸿升的祝寿图等资料在原址重建总兵府，占地面积4000平方米，建筑面积3300平方米。2003年底，总兵府主座竣工并向游客开放。  

    提供参观的项目有：闽粤南澳镇总兵史料陈列、南澳镇海防图、南澳城廊公署图、总兵周鸿升祝寿图屏风、古代兵器、文物陈列、郑成功招兵树、郑成功石雕像、验兵石、八千斤大炮、六千斤大炮、闽粤界碑及碑廊等。  

    闽粤南澳镇总兵史料陈列以图、照、表等形式，介绍南澳镇的设立，总镇府（总兵府）、甫澳城及岛上海防军事设施的建设，副总兵、总兵情况，戚继光、郑成功在岛上的军事活动等。  

    南澳镇海防图以沙盘形式展示闽粤南澳镇军事辖区（南澳岛、 闽南、粤东）内海防军事设施的分布和海域巡游编队情况。  

    南澳城廊公署图以沙盘形式展示南澳城及设置于城内的总兵府和下属各军事行政机关的位置名称。  

    总兵周鸿升祝寿图屏风（照片），木质，原件高3米、宽6米 ，由12幅3×0.5米的小屏风折合组成。清康熙三十八年(1669)南澳总兵周鸿升的姻亲眷弟进士曾华盖贺赠周总兵六十荣寿。正面为“祝寿图”．金漆贝雕，全面表现南澳城、总镇府和总镇府所在地深澳地区的安定、繁荣景象。背面为“荣寿序”，主要记述周鸿升的战绩军功。该屏风现存于法国巴黎艺术制作工程师雅克.马兰德先生家中。  

    郑成功招兵树，榕树，树龄400多年，高近20米，主干围近15米。清顺治十二月（1647初，南明隆武二年）郑成功背父抗清，拥南明，与陈辉、张进乘二舰入海，收兵南澳。相似郑成功多次在这棵榕树下招兵，后人把这棵大榕树称为“郑成功招兵树”。郑成功在南澳立足之后，又以金门、厦门为根据地，连年出击粤江浙等地，征战清军。南明永历十五年(1661年)，郑成功率将士数万人渡海，围攻侵占台湾的荷兰总督所在地赤嵌城，历时8个月,1662年2月1日郑成功终于迫使荷兰总督投降，终于驱逐荷虏，收复台湾。  

    验兵石，清初，花岗岩石质。高61.5厘米，宽38.5厘米，厚21厘米，重119公斤。上部两删凿有凹耳可作把手以将其移动、提起乃至抬举，是清代招募兵员及民间练武、练体力臂力的专用石器。  

    八千（斤）大炮，清道光二十年(1840)造，生铁，长375厘米，炮口内径22厘米，外径46厘米，炮身最大外径63厘米，重4000公斤。原架设于深澳西北侧海滨（草寮尾）。铸文：闽浙督中协富（姓）于道光二十年秋奉闽浙总督（姓）、镇闽将军保（姓）、福建巡抚吴（姓）奏制。大炮一位重八千。督造都司顾德铭，匠首林朝英。“邓”即禁烟名将邓庭桢。  

    明清时期南澳建造了南澳城和一批铳城、炮台等海防军事设施，设置一大批铳、炮。据记载，清代仅右营防区就设置各种大炮126门，可计全岛大炮超300门。  

      六千（斤）大炮，清道光二十年（1840）造，生铁，长340厘米，内径18厘米，外径42厘米，炮身最大外径55厘米，重3000公斤。铸文与八千大炮同。原架设于深澳东门外。  

    闽粤界碑，原立于总兵府北侧的贵丁街头，已失。南澳地处闽粤之交，向为海外荒服。明中后期，倭盗猖獗，争战频仍。万历三年(1575)朝廷以海防之险要诏设闽粤南澳镇，派副总兵一员镇之，兼领漳潮两府海防军事。由是南澳又称闽粤镇，兵事则闽之东山、悬钟和粤之靖海、达濠、海门、柘林、澄海诸协、营属之；民事则云澳、青澳隶属于福建漳州诏安，深澳、隆澳隶属于广东潮州饶平。其镇标左营（由福建派驻）与右营（广东派驻）亦界别闽粤分辖。总兵府前之贵丁街昔即其界线并立有左营界址碑和右营界址碑，而闽粤界碑则立于中间。雍正十年诏设粤闽南澳海防厅，设同知统掌四澳民事，分别直隶闽之漳卅、粤之潮州。民国元年(1912)南澳改厅为南澳县，民国三年四澳均划属广东。衍行三百余年两省共管之南澳始归划一。