明朝设立闽粤南澳镇缘由
南澳地处海岛，古时候交通闭塞，人口稀少，很难与大陆联系，极少与岛外交流，长期被视为“海外荒域”，设镇前从未设置正式行政管理机构。
明初，红夷、倭寇对我国东南沿海的侵扰日益加剧，他们或以南澳跳板，复以南澳为基地，横行我国东南沿海，严重危害国家安全。而粤东闽南的盗贼、海寇也多以南澳作为互市之地。林国显、林道乾、林风、朱良宝、杨老、许朝光、吴平等山贼、海寇，海上武装椠团长期纵横粤东闽南特别是南澳海面，大肆劫掠，给民众带来极大的苦澳难。
更有甚者，面对倭夷的侵扰和海寇的劫掠，两省水师多以南澳不属其辖区而互相推诿。
明嘉靖四十四年(1565)，戚继光、俞大猷联军剿灭了盘踞南澳“与使寇互为倚角”的吴平海上武装集团，使东南沿海基本造于平静。
史实证明，南澳虽弹丸一岛，却是漳潮之镇钥、东南之门户，“争之则我据其胜，弃之则寇得所凭”。明万历三年(1575)农历六月，福建巡抚刘尧诲会同两广总督殷正茂上书朝廷，“请设南澳总兵”。农历九月初六得以批复，设立“闽粤南澳镇”，派驻“协守漳（漳州），潮（潮州）等处地方专驻南澳副总兵官”一员，领兵三千，在南澳岛上设左营（福营，由福建派驻），右营（广营，由广东派驻），兼领福建南路、广东东路水师，负责闽粤交界海面军务，受漳州、潮州总兵节制。
根据有关资料自下而上比照，“镇”在明、清时不低于现在师一级的军事单位。副总兵为从二品军事将领。
清康熙二十四年(1685)，南澳镇升设总兵（二品）受两省水师提督管辖，兵员、设施、设备均得到加强。同时，南澳镇左营开始分批轮流参与守卫台湾、澎湖、淡水，三年一班，前后历二百余年。
